Die einzigartige Struktur des HIU mit vier Partnern spiegelt sich ebenfalls im Direktorium wieder. Es besteht jeweils aus einem Mitglied der Partner. Dieses oberste Leitungsgremium des HIU tagt regelmäßig, trifft die wichtigsten Richtungsentscheidungen und ist zuständig für die Außenbeziehungen und die Erfolgskontrolle.
- Prof. Dr. Andrea Robitzki (Karlsruher Institut für Technologie)
- Prof. Dr. Joachim Ankerhold (Vizepräsident Universität Ulm)
- Prof. Dr. Maximilian Fichtner (Geschäftsführender Direktor des HIU, Universität Ulm)
- Prof. Dr. Arnulf Latz (Deutschen Zentrum für Luft- und Raumfahrt)
- Dr. Margret Wohlfahrt-Mehrens (Zentrum für Sonnenenergie- und Wasserstoff-Forschung Baden-Württemberg)
