Die einzigartige Struktur des HIU mit vier Partnern spiegelt sich ebenfalls im Direktorium wieder. Es besteht jeweils aus einem Mitglied der Partner. Dieses oberste Leitungsgremium des HIU tagt regelmäßig, trifft die wichtigsten Richtungsentscheidungen und ist zuständig für die Außenbeziehungen und die Erfolgskontrolle.
- Prof. Dr. Maximilian Fichtner (Geschäftsführender Direktor des HIU, Universität Ulm)
- Prof. Dr. Joachim Ankerhold (Vizepräsident Universität Ulm)
- Prof. Dr. Oliver Kraft (Vizepräsident Karlsruher Institut für Technologie)
- Prof. Dr. Arnulf Latz (Deutschen Zentrum für Luft- und Raumfahrt)
- Dr. Margret Wohlfahrt-Mehrens (Zentrum für Sonnenenergie- und Wasserstoff-Forschung Baden-Württemberg)
